我們的身體具有非凡之力,能夠記住過去所遇到過的過敏原、病原體、傷口和刺激物,并于再次遇到該事件時作出更迅速的反應(yīng)。這種突出的敏感性也有助于我們應(yīng)對新的威脅。盡管保持著這種警備狀態(tài)能夠增強我們對病原體的抵抗力,但這種記憶也可能是適應(yīng)不良狀態(tài)的,并導(dǎo)致慢性炎癥性疾病和癌癥。隨著我們生活中新的病原體、過敏原和污染物的不斷出現(xiàn),揭示這些現(xiàn)象分子基礎(chǔ)的緊迫性已經(jīng)上升到了新的高度。本文作者回顧了自2007年以來,炎癥記憶領(lǐng)域是如何發(fā)展的,當(dāng)時研究人員意識到非特異性記憶包含在細(xì)胞核中并在表觀遺傳水平傳播。這篇文章也回顧了最近的一系列新發(fā)現(xiàn),這些發(fā)現(xiàn)揭示了記憶不僅僅是免疫系統(tǒng)的特權(quán),而且還延伸到了皮膚、肺、腸和胰腺的上皮以及神經(jīng)元等。盡管炎癥的表觀遺傳記憶仍在研究中,但現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn),其與可能的大腦疾病(如阿爾茨海默病)和癌癥風(fēng)險的升高有關(guān)。本篇綜述中,作者思考并總結(jié)了這些表觀遺傳記憶的優(yōu)點和缺點以及它對人類健康和疾病的影響。
炎癥和組織記憶概述
我們組織中的短壽命和長壽命細(xì)胞感知并響應(yīng)炎癥、代謝和微生物的刺激等,即使在初次刺激消失后也能保持警覺狀態(tài)。激活的細(xì)胞能夠更迅速的對次級觸發(fā)器作出反應(yīng),提供抗病原體和促進(jìn)修復(fù)功能。但是這種情況如果不加以控制,那么這些被激活的細(xì)胞就會加劇炎癥病變并導(dǎo)致癌癥發(fā)生。
Fig1 炎癥和組織記憶概述
記憶機制
在初級刺激之后,位于關(guān)鍵炎癥記憶基因遠(yuǎn)端(增強子)區(qū)域內(nèi)的一組應(yīng)激反應(yīng)位點“記憶域”被打開。通過刺激特異性轉(zhuǎn)錄因子(TFs, transcription factors),使其有能力識別并結(jié)合到其他封閉的染色質(zhì)中的基序上,從而實現(xiàn)可訪問性。一旦記憶域可以訪問,廣泛的應(yīng)激反應(yīng)TF FOS與其他AP-1家族成員(如JUN)異源二聚化,并與幾個在這些域內(nèi)也具有結(jié)合基序的穩(wěn)態(tài)TF一起獲得訪問權(quán)限。在這個炎癥階段,某些免疫引發(fā)的長非編碼RNAs(IncRNAs)被轉(zhuǎn)錄,與中介體復(fù)合物(Med)結(jié)合,Med在拓?fù)鋵W(xué)上將刺激激活增強子與它們的基因啟動子結(jié)合起來,從而啟動RNA聚合酶Ⅱ(Pol Ⅱ)介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄。TFs和 IncRNAs 都可以結(jié)合并招募組蛋白修飾物,特別是增強子上的 H3K4me1和啟動子上的 H3K4me3。一旦炎癥和壓力消退,刺激特異性TF、 FOS和 IncRNA表達(dá)減弱,穩(wěn)態(tài)TF和這些組蛋白修飾使得記憶相關(guān)基因保持啟動狀態(tài),但在很大程度上是轉(zhuǎn)錄惰性的。在這種開放的記憶狀態(tài)下,由各種壓力激活的TF FOS 可以獨立于染色質(zhì)開放的“先驅(qū)樣因子”運行,以快速調(diào)用記憶相關(guān)基因的記憶相關(guān)轉(zhuǎn)錄(Ac, acetylation乙?;?/span>; Me, methylation甲基化)。
Fig2 記憶機制
在過去的5年里,我們開始認(rèn)識到組織內(nèi)的長壽細(xì)胞會記住它們的經(jīng)歷,并能以對宿主有益(抗病原體和促進(jìn)修復(fù))或有害(炎癥和癌癥)的方式利用這些記憶(圖1)。因此,通過長壽細(xì)胞調(diào)整組織反應(yīng)的能力可能有希望成為減輕疾病的安全手段。然而,操縱細(xì)胞記憶,需要類似于人類細(xì)胞圖譜,即在不同的人類細(xì)胞類型和各種刺激后有詳細(xì)的特定背景記憶圖。
組織是上皮細(xì)胞、間質(zhì)細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、免疫細(xì)胞、微生物和其他細(xì)胞的復(fù)合體,它們共同經(jīng)歷著健康和疾病的整個過程。盡管對個別細(xì)胞類型的記憶進(jìn)行了研究,目前主要集中在長壽的免疫細(xì)胞和上皮細(xì)胞上,但對特定組織內(nèi)不同細(xì)胞對炎癥反應(yīng)的相對貢獻(xiàn)和聯(lián)合作用還不清楚。此外,值得注意的是:母體腸道微生物群的失調(diào)、懷孕期間感染、飲食改變或壓力所導(dǎo)致的炎癥環(huán)境改變,可能會在成長中的胎兒體內(nèi)引發(fā)表觀遺傳記憶,也可能是影響后代大腦發(fā)育和神經(jīng)元行為的系統(tǒng)信號。像許多組織干細(xì)胞一樣,神經(jīng)元的長壽命使其成為長期儲存表觀遺傳記憶的理想細(xì)胞,可能與小膠質(zhì)細(xì)胞合作,大腦的常駐巨噬細(xì)胞被證實會對來自腸道微生物群的信號作出反應(yīng)。事實上,最近的一項研究發(fā)現(xiàn),島狀皮層的神經(jīng)元能夠記住腸道炎癥,當(dāng)選擇性地重新激活時,足以引發(fā)炎癥。在未來,這一領(lǐng)域的進(jìn)展將是有趣的,特別是有越來越多的證據(jù)表明阿爾茨海默病與炎癥和小膠質(zhì)細(xì)胞間功能紊亂有關(guān)。
許多小鼠實驗主要采用組織損傷模型對炎癥記憶進(jìn)行驗證,將抗病原體、炎癥反應(yīng)和修復(fù)程序聯(lián)系起來。然而,組織損傷和隨后的修復(fù)是個復(fù)雜的過程,其中受損誘導(dǎo)的反應(yīng)所引起的組織記憶可能是廣泛的生理適應(yīng)的基礎(chǔ)。利用這種復(fù)雜性,最近有研究發(fā)現(xiàn)在皮膚創(chuàng)傷后,被誘導(dǎo)的上皮干細(xì)胞積累并保留了不同的表觀遺傳記憶,這些記憶共同提高了它們的功能和修復(fù)能力(細(xì)胞的可塑性、傷口修復(fù)和感染防護(hù))。
我們一生中,身體會經(jīng)常暴露在大量不同的炎癥和傷害誘發(fā)因子之下,這使得我們在人類生理學(xué)背景下加深了對表觀遺傳記憶,以及不同細(xì)胞角色壽命的理解。因此,除了上皮干細(xì)胞之外,其他細(xì)胞類型是否同樣儲存了它們獨特的經(jīng)驗記憶,如果是的話,它們是否也能有選擇地使用記憶來適應(yīng)新的挑戰(zhàn)。但是存在一個關(guān)鍵的問題:雖然累積性記憶對增強機體健康有著不少的吸引力,但多樣化和累積性記憶也有可能造成不良的后果,如慢性炎癥性疾病和癌癥。在未來,了解不同的記憶是如何被分割和有選擇地回憶,可能會為今后開發(fā)利用好記憶和清除壞記憶的治療策略提供有價值的突破口。
最后,盡管這一領(lǐng)域的研究激增,但關(guān)于我們組織的長壽細(xì)胞在遭遇壓力時獲得的表觀遺傳記憶,仍有許多東西有待研究??紤]到氣候變化(如污染)和新的病原體(如過敏原)使我們會面對的誘發(fā)因子發(fā)生了巨大的變化,而解讀環(huán)境記憶的細(xì)節(jié),能夠使我們深入地了解在提高組織適應(yīng)性和慢性疾病易感性之間的進(jìn)化權(quán)衡。
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